Bei der Kirche St. Verena gründet im Jahr 1244 eine Gruppe frommer Frauen mit Hilfe des lokalen Adels und der Abtei St. Gallen das Kloster Magdenau. Papst Innozenz IV. gliedert es im Jahr 1250 dem Zisterzienserorden ein. Das Kloster etabliert sich mit den umliegenden Höfen als eine kleine, in gewissen Bereichen autonome Gemeinde. Nach dem Franzoseneinfall 1798 wird der Weiler Magdenau in die politische Gemeinde Degersheim integriert. Die Gemeinde Magdenau hört auf zu existieren, aber das Kloster Magdenau besteht weiter.